问题已解决。我把细节留在这里：
简短版
不要在 Linux 系统下从 exFAT 或 NTFS 驱动器运行 MV。把它安装到你的内部驱动器上，它就能正常工作。
真正的原因
MV 的 Steam 库位于一个外部的三星 T7 Shield 硬盘上，而该硬盘格式化为 exFAT（三星出厂时默认如此）。Linux 上的 Steam 无法正确写入 exFAT 或 NTFS 库，MV 也无法从这样的库中正常运行。编辑器虽然能打开，但在加载项目的那一刻就会关闭。将 MV 安装到内部驱动器后，第一次尝试就修复了问题。插件、权限以及项目在主文件夹中的位置都被证明与此无关。
如果你也使用了外部驱动器，请首先检查它的格式：
findmnt -T "/media/YOURNAME/DRIVENAME"
如果 FSTYPE 显示为 exfat 或 ntfs，那就是问题所在。要么将 MV 安装到你的内部驱动器，要么将外部驱动器重新格式化为 ext4（这会清除数据，所以请先将所有内容复制出来）。