最初は簡単そうに聞こえます。ゲームの設定ファイルからRPGMAKERVXAceを削除するだけです。しかし、そう単純なものではありません。時折、RPGMAKERVXAceは空欄を0に置き換えてしまいます。ゲームをプレイテストするとエラーが発生し、非常に困っています。なぜこれが起こるのでしょうか？私はファイル内のテキストを保存しています。何度かプレイテストしてもエラーは出ません。しかし、いつの間にか、RPGMAKERを再起動した際に、設定ファイルが空欄を0に上書きしているようです。
私が読んだ限り、VX Aceのエディタはプロジェクトを保存する際にGame.iniを書き換えるようなので、それがあなたの編集内容を上書きしている原因ではないでしょうか。以前にそこに0が設定されるのを見たことはありませんが。
作業中のプロジェクトではRTP=RPGVXAceをそのまま残しておき、リリース版でのみそれを削除するのはどうでしょうか？「ファイル」→「ゲームデータの圧縮」には「RTPデータを含める」オプションがあり、これによりRTPがパッケージ化されるため、プレイヤー側でRTPをインストールする必要がなくなります。ただし、RTP全体をパックするため、ダウンロードサイズは大幅に大きくなります。
軽量にしたい場合は、プロジェクトフォルダのコピーを作成し、RTPの「Audio」、「Graphics」、「Fonts」フォルダからゲームが使用するRTPファイルだけをコピーしてください（Steam版の場合、パスは steamapps\common\RPGVXAce\rtp です）。その後、コピー側のGame.iniからRTPの行を削除し、Game.exeを実行します。不足しているファイルのエラーが出た場合、それをコピーすればよいことがわかります。コピー版をエディタで開くことはないので、何も上書きされることはありません。