これは、シーン遷移後にオブジェクトが数フレームだけ一時的に表示されるという最近の投稿と非常に似ています：シーン遷移後にオブジェクトが見えてしまう - Baz の #2
おそらく原因は同じです。読み込み直後の初期状態の処理には数フレームかかるため、その瞬間に表示されるのは、シーン内でオブジェクト自体に設定されている状態であり、初期状態で定義されているものではありません。これにより、オブジェクト間で不整合が生じるのも説明がつきます。初期状態とよく一致するオブジェクトはちらつきませんが、異なるものはちらつきます。
回避策として、オブジェクトのベースとなるシーンの設定（表示状態、アニメーションフレームなど）を読み込み時に望む初期状態と一致させることで、読み込み期間中の目に見える不一致を防ぐことができます。
とはいえ、これは議論に値する興味深いパターンになりつつあると思います。初期状態をオブジェクト自体に反映させる必要があるのは、特にセーブ/ロードやシーン遷移において、初期状態が即座に適用されるはずなのにそうならない点で、あまり好ましくありません。この読み込み動作の改善について、開発者に持ち上げてみる予定です。