シーン遷移後にオブジェクトが見えてしまう

conb さん、ようこそ！

私の理解では、オブジェクト自体の可視性は初期状態だけでなく、デフォルトでオフにする必要があるはずです。初期状態の適用には数フレームかかるため、その短い間に表示されるのはベースシーンで設定されている内容になります。エディタ内でオブジェクトが見えなくなるため配置が面倒になりますが、これはシーン遷移中の期待される動作です。