ポータル移動時にUIのオブジェクトが勝手に書き換えられる。

ポータルで移動した場合もシーン遷移と同じく、各シーンにUI用のオブジェクトを配置する必要があります。

こちらは、F6キー等で直接シーンを起動した場合は正常に動作するが、ポータルを挟んで遷移をすると位置がずれる、ということであっているでしょうか?

BazelotQuest等のポータルとHUDを利用したプロジェクトを最新環境でテストしてみましたが特におかしな点は見受けられませんでした。

解像度設定等の複合的な問題の可能性がありますのでプロジェクトデータをいただくことは可能ですか?