「フィルターを設定」『だけ』機能していない

こちらのよくある質問等にも記載をさせていただいているのですが、

恐らく、問題の発生しているオブジェクトのSprite2D/AnimatedSprite2D/Polygon2Dのプロパティ、「親のマテリアルを使用」がオフになっているのではないかと思います。