フィードバックありがとうございます！私の理解では、オブジェクト上のプリセットノードは意図的なもので、AGMakerのビジュアルスクリプティングと密接に関連しています。バンドルされているノードの多く（VariableSettings、SwitchSettings、CollisionShape2D、AnimationPlayerなど）は、ビジュアルスクリプトのアクションや条件が機能するために必要です。デフォルトで存在しない場合、アクションが欠落したノードを参照するたびにクラッシュやデバッグエラーが発生します。これらを事前にバンドルすることで、ビジュアルスクリプトが箱入りそのままの状態で動作するようになっています。
これはGodotのネイティブなコンポジションとは少し異なるアプローチです。AGMakerは、Godotに慣れていない人々のハードルを下げることを目指しており、どのノードを追加し、どのように接続するかを考えなくて済むようにしています。インスペクターがごちゃごちゃしているように感じられるかもしれませんが、これは「箱入りそのまま」の体験のためのトレードオフです。
GameObjectsとGodotのルートノードの設定の違いに関する理由は、こちらの記事をお読みください：
また、プリセットシーンノード（SceneLayer、DistantViewなど）のそれぞれの役割については、こちらの記事で説明されています：
それらを確認した後でも、特定のノードやプロパティが不明瞭に感じられる場合は、お知らせください。お手伝いさせていただきます。