「管理用のシーンは使わないでください」という表示

デバッグを開始すると初めに「管理用のシーンは使わないでください」という表示が出ます。

新規でゼロからシーンを作成しているはずのですが、これはどういう意味なのでしょうか?
この表示が出ないようにするにはどうすればよいですか?

A specific, minimal reproducible project is needed to aid the discussion.

When you try to start debugging, this screen appears for a brief moment.
It lasts only about 0.1 seconds.

こちらはcore.tscnを読み込んだ際に表示されるテキストになります。

ACTION GAME MAKERでは各機能をシーン間で維持するため、まずcore.tscnを読み込んでからシーン遷移で初期設定されたシーンに遷移するという処理をしていますが、通常であれば表示されません。

シーン遷移で初期シーンを設定していない状態等で発生する可能性があるかとはおもいますが、初期シーンを設定しているにも関わらず表示されるということでしょうか?

Moonlingさんあてにメッセージでプロジェクトファイルを送付しました。
ご確認よろしくお願いいたします。

確認しましたがでますね、恐らく大規模なシーンですので読み込み時間が長くなり表示されてしまうのだとおもいます、開発に報告させていただきます。

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最小限のタイルのみ設置したシーンを初期シーンにした場合でも表示されていますので、シーンの大きさは関係ないと思います。